Tragjedia e parë e madhe pas pavarësisë së Maqedonisë ishte rrëzimi i dy avionëve me pasagjerë në fillim të viteve 1990. Fokeri i Paler Macedonia u rrëzua në vitin 1993 menjëherë pasi u ngrit nga aeroporti i Shkupit. 86 pasagjerë dhe anëtarë të ekuipazhit humbën jetën. Tetë muaj më vonë, më 22 nëntor të po këtij viti, në aeroportin e Ohrit u rrëzua avioni i dytë. Aeroplan pasagjerësh i Avioimpeksit u rrëzua dhe mbetën të vdekur 115 njerëz.
Antoni Peshev, ministër i atëhershëm i Ndërtimit, komunikimit dhe ekologjisë, nën kompetencat e të cilit ishte edhe trafiku ajror, dha dorëheqjen dhe nuk u kthye në post.
Anija “Ilinden” u fundos në Ohër, 12 vite më parë, ku humbën jetën 15 turistë nga Bullgaria. Aksidenti ndodhi më 5 shtator të vitit 2009. “Ilinden” u përmbys dhe u fundos rreth 250 metra larg bregut përballë autokampit “Eleshec”. Në anije ndodheshin 57 pasagjerë që udhëtonin drejt Shën Naumit. Kapiteni i anijes, 23 vjeç, u mbajt në paraburgim, ndërsa në korrik 2011 u dënua me një vit burg.
Ministri i atëhershëm i Transportit dhe Lidhjeve, Mile Janakieski dha dorëheqje, por kryeministri Gruevski nuk e pranoi dhe ai vazhdoi të udhëheqë këtë dikaster.
Më 13 shkurt 2019, autobusi i “Durmo Tursit” u rrokullis në afërsi të fshatit Laskarc në magjistralen Shkup – Tetovë. Në të kishte pasagjerë që po ktheheshin në shtëpi, nga Shkupi për në Tetovë dhe Gostivar. Në aksidentin fatal humbën jetën 16 persona dhe mbi 30 të tjerë u plagosën. Edhe sot e kësaj dite nuk ka epilog gjyqësor për këtë rast. Akuzohen gjashtë persona, mes të cilëve shoferi, pronari i kompanisë, si dhe Qendra Teknike në Gostivar, ku janë kontrolluar autobusët. Gjykimi është në fazën përfundimtare.
Para më shumë se dy muaj, në ditën e pavarësisë së vendit, 8 shtator, spitali modular në Tetovë u dogj deri në themel. Katërmbëdhjetë njerëz u dogjën të gjallë, duke përfshirë 12 pacientë me kovid dhe dy të afërm të pacientëve të shtruar në spital. Rasti është ende në procedurë parahetimore. Ministri i Shëndetësisë Venko Filipçe dhe zëvendësi i tij Ilir Hasani ofruan dorëheqje, por kryeministri Zaev nuk i pranoi. Drejtorët e spitalit dhanë dorëheqje, por ata janë ende në detyrë pasi nuk janë emëruar të rinj.
